در گذر از سیر تاریخی پیشرفت، رسالت دانشگاه ها از انتقال دانش صرف به تولید علم، دانشمند و پژوهشگر تغییر یافته است. قسمت بزرگی از مسئولیت  و بار پژوهش در هر کشور بر عهده دانشگاه ها و صنایع ست. در نظام سلامت و درمان ایران با توجه به ویژگی های  ادغام آموزش و درمان پزشکی، مسئولیت و توان پژوهشی در یک جا تجمع یافته که با استفاده از این فرصت می توان مدیریت صحیح در منابع و هدایت پژوهش در بخش بهداشت و درمان کشور ایجاد کرد. به همین دلیل به جهت ناچيز بودن سهم پژوهش هاي باليني عليرغم ظرفيت بالاي منابع مطالعاتي و حضور جمع كثيري از اعضا هيات علمي و ... در بيمارستانها و اهميت بالاي اين پژوهش ها به جهت ايفاي نقش واسط در انتقال دانش بر گرفته از پژوهش هاي بنيادي و پاسخگويي به گروه هدف (بيماران)، در سال 81 كميته سياستگذاري تحقيقات باليني با هدف بسترسازي و حمايت كمي و كيفي از توسعه تحقيقات باليني و توانمندسازی و فرهنگ سازی پژوهشی در بخش های بالینی بيمارستانهاي آموزشي راه اندازي و پایه گذاری کرد. بر اين اساس ابتدا در دانشگاههاي علوم پزشكي: تهران، شهيد بهشتي، ايران، تبريز و شيراز كه بصورت داوطلبانه اعلام آمادگي كرده بودند براي اين امر انتخاب شدند و بتدريج در دانشگاه هاي ديگر نيز شكل گرفت
در حال حاضر پژوهش‌هاي باليني و بيمارستاني تا رسيدن به جايگاه مطلوب خود فاصله زيادي دارند و توجه جدي به اين مقوله از اولويت‌هاي نظام كلان پژوهشي در علوم پزشكي به شمار مي‌رود. به بياني ديگر در حيطه علوم باليني نيازمند ساختار و زير ساختارهاي مناسب جهت دستيابي به اهداف و نيازمندي‌هاي مديريت پژوهشي در مقام سياست‌گذار و هدايت كننده نظام پژوهشي مي‌باشيم.

در سال 1394 به طور اختصاصی در زمینه کودکان واحد توسعه تحقیقات بالینی بیمارستان فوق تخصصی کودکان حضرت معصومه (س) راه اندازی گردیده است. هدف اين واحد ايجاد مجموعه‌اي خلاق و پيشرو در زمينه پژوهش‌هاي باليني و ارتقاي سلامت و بهداشت کودکان است. ما بر آنيم كه با تكيه بر توانمندي‌هاي خويش و بهره گيري از تجارب ديگران، موجبات حضور برتر علمي پژوهشي دانشگاه را در سطح قابل قبول فراهم آوريم و طرح‌هاي تحقيقاتي مفيد و كاربردي را در اسرع وقت تحت حمايت‌هاي همه جانبه خود تا رسيدن به نتيجه مطلوب قرار دهيم. ما مصمم هستيم تا با توجه به موقعيت و چهره كشورمان در منطقه و ويژگي‌هاي خاص استان قم بطور خاص ضمن حفظ كرامت انساني و رعايت قوانين و مقررات و ارزش هاي والاي انسانی و اسلامي با ترغيب و تشويق و ايجاد روحيه نوآوري بستر مناسبي را براي ارتقاء ظرفيت‌هاي پژوهشي و افزايش سطح كيفي و كمي آنها و بكارگيري نتايج با تأكيد بر پژوهش هاي باليني فراهم آوريم.

به منظور دستيابي به مأموريت فوق و با توجه به ظرفيت‌هاي پژوهشي دانشگاه، ‌اهداف كلان اين واحد به شرح زير مي باشد:

هدفمند نمودن پژوهش‌هاي بنيادي و كاربردي با لحاظ نمودن اخلاق در پژوهش و بهينه‌سازي استفاده از بودجه‌هاي قابل استفاده در بخش تحقيقات به منظور بهبود كيفي و كمي پژوهش و حمايت از پژوهشگران، توانمندسازي پژوهشگران و توسعه تحقيقات كاربردي و بهره‌گيري از نتايج آنها در جهت حل مشكلات و ارتقاء سلامت جامعه و تهيه دستورالعمل‌هاي بومي و بسط و توسعه ارتباطات و همكاري‌هاي منطقه‌اي و ملي از طريق عقد قراردادها، تفاهم نامه‌ها و اجراي پروژه‌هاي مشترك و كارهاي گروهي ازجمله فعاليتهاي اين واحد در رسيدن به اهداف، مشاوره در طراحي و متدولوژي تحقيق، مشاوره در نحوه تهيه و تدوين طرح تحقيقاتي، مشاوره در جهت نحوه تهيه و تنظيم مقاله، مشاوره در نحوه مرجع نگاري، مشاوره جهت چگونگي پذيرش و چاپ مقالات در مجلات معتبر از جمله مجله علمي پژوهشی دانشگاه علوم پزشكي قم، مشاوره در جهت چگونگي چاپ و انتشار كتب باليني در انتشارات دانشگاه مي باشد.